Diseño e implementación de módulo de trámites en línea

Te puedo decir que se trata de una entidad pública, en la que soy contratista para encargarme del soporte de un aplicativo de un tercero, pero la entidad es dueña del fuente y todo eso, del aplicativo te puedo decir que es un sistema que gestiona trámites de movilidad, tarjetas de operación para buses, busetas, micros, certificados de disponibilidad; los actores entonces son empresas de transporte, vehículos, personas como solicitantes, como propietarios de vehículos y como representantes de empresas; los trámites entonces tienen un orden, tienen unas características y unos requisitos; luego para solicitar un trámite entonces el usuario presenta los datos requeridos, documentos adjuntos, el pago del trámite y se radica, de ahí se procede a asignar el funcionario que continuará el trámite y finalmente se entregará lo que haya por entregar o se rachazará dependiendo de la revisión pues, y se puede consultar el estado del trámite durante todo el proceso, mismo que lo realiza un funcionario registrado en el aplicativo dependiendo de una entidad y sede, la intención es que el proceso de radicación lo pueda realizar el usuario desde su casa o empresa sin alterar el actual flujo de información y se pueda realizar también como se vienen haciendo. El aplicativo está desarrollado en java, su arquitectura es MVC, maneja spring webflow, es algo viejito la verdad, la base de datos esta en sql oracle, en servidores propios de la entidad. Es la información con la que cuento, la idea es que me ayuden a entender como se puede responder a esto y pues por cuestiones de falta de conocimiento, experiencia y por supuesto el tiempo del contrato la ayuda directa en la solución. Quedo atento a lo que me puedan decir y muchas gracias por atender mi solicitud de ayuda.