Sistema de Control de Gestión

Requiero adecuar una aplicación web desarrollada con Twin y en php y motor de datos mySQL, para esto se requiere agregar al modelo de datos una tablas adicionales, rompiendo una relación entre tablas pero que es al final del la cadena relacional. El sistema actualmente captura las HH por proyecto, pero se requiere llevar el control por documento, un proyecto puede tener varios documentos y estos documentos puede tener varias versiones, las cuales tienen atributos. Requiero normalizar los archivos fuente de modo que permitan ser adeitables para futuras mejoras sin tener que pasar por Twin.